what？这么多单细胞分析软件我该怎么选 | 单细胞专题
单细胞测序是目前研究的热点，随着越来越多文章的发表，相应的分析软件也在成倍增加。目前为止，单细胞分析相关软件已经高达493个（参考网址：https://www.scrna-tools.org/），面对如此多的软件如何快速精准选择合适的软件呢？
图1：单细胞相关软件数量统计图
目前按照各软件实现的功能，共可以分为30类（详见图2），包含数据可视化，细胞聚类，数据降维，数据归一化，差异表达分析等。选择软件的首要条件是满足我们的需求，比如我们需要做细胞聚类，通过工具查找发现可以实现聚类的软件高达136个，这时我们需要进一步的筛选软件。
图2：各软件实现功能分类百分比
对于可以实现相同功能的诸多软件中，软件算法发表的文章影响因子以及后续各研究者使用该软件的频率是我们考量软件的重要因素。按照影响因子排序，我们看到引用率最高的前10款软件（如下图3），其中框起来的4款软件是我司目前分析用到的软件（以下为相应4款软件简单功能描述，后续会陆续给大家带来Cellranger和Seurat软件详细功能介绍，请耐心等待哦）：
·STAR：比对软件，用于基因组比对
·Cellranger：10X官方软件（内嵌STAR比对软件），用于细胞barcode鉴定、基因定量、细胞聚类及差异分析等
·Seurat：细胞基本情况统计、低质量细胞过滤、细胞聚类、差异分析等
·Monocle：基于Seurat聚类结果进行拟时序分析等（该软件的原理及实现的功能详见：10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析| 10X单细胞专题）
图3：各软件按照引用量top10排序图
第三方分析软件如果能得到官方的认可，足以说明该软件的强大。10X GENOMICS（https://support.10xgenomics.com）对于单细胞转录组分析唯一承认的第三方软件就是Seurat（如图4），后续再对该软件进行更一步的分享。
图4：10X官方软件说明
说了这么多，想必您对单细胞分析软件的选择已经有了清晰的认识。后面我们会对另外两个爆款软件Cellranger和Seurat做更深一步的分享，如果后续您想知道其它单细胞相关软件的信息，后台留言告诉我们小编，我们会第一时间为您解读。